闽江理论物理协作中心的成立背景可以追溯到 2019 年 12 月 27 日中国科学技术大学与闽江学院缔结了战略合作关系并签订了合作框架协议。根据协议，中科大将闽江学院作为对口支援的合作高校，为闽江学院学科与学位点建设、师资队伍建设、人才培养、科研服务和科学管理等工作提供全面指导，助力我校建设高水平有特色的应用型大学。

为落实两校合作框架协议，2020 年 8 月 3 日中科大党委进一步选派邓友金、顾振华、杨周旺三位国家级人才来校分别担任best365体育官网入口平台、海洋学院、数学与数据科学学院学术院长。邓友金教授到任后与best365体育官网入口平台主要负责人积极联络中科院理论物理所蔡荣根院士，欧阳钟灿院士(闽籍院士，福建泉州人)、北京师范大学物理系涂展春书记，李春密教授(资深物理教育专家)寻求支持。另外一方面主动联系驻闽的厦门大学、华侨大学、福州大学理论物理相关同行积极筹备在闽江学院建立一个基础理论物理协作科研平台。2020 年 10 月 9 日，闽江学院与中科院理论物理所正式签订合作协议共建闽江理论物理协作中心。根据协议，理论物理所选派国家杰出青年基金获得者周海军研究员出任协作中心主任，并于 2020 年 12 月 9 日-12 日在闽江学院举办协作中心的成立仪式和学术研讨会。